鼻咽癌的病因不明，推測遺傳因素和生活習慣等因素，在鼻咽癌發生上可能起著重要作用。遺傳因素：根據細胞染色體及人類組織相容性抗原(HLA)等的研究，鼻咽癌有明顯民族聚集現象。飲食因素：飲食過多的咸魚、臘味和腌制含亞硝胺類化合物的食品，這些食物有誘發鼻咽癌的作用，水、大米中鎳、鉛等微量元素的改變也可能與鼻咽癌的發生有關。EB病毒：從鼻咽癌的組織中分離出帶EB病毒的類淋巴母細胞株，找到了EB病毒顆粒。鼻咽癌體內存在EB病毒高滴度的抗體，病情嚴重者滴度高，說明EB病毒與鼻咽癌關系密切。