尖銳濕疣常需與生殖器癌、扁平濕疣、假性濕疣、生殖器鮑溫樣丘疹病及珍珠樣丘疹病鑒別。要準確辨別這幾種不同疾患，十分實用而簡便的辦法就是醋白試驗，即用5%冰醋酸液涂在病變部位，3分鐘后疣體發白者為尖銳濕疣，否則另當別論。或以浸有3-5%冰醋酸溶液的紗布包在可疑病變處3-5分鐘，若患處變白，則說明是亞臨床感染。
(1)、生殖器部位癌皮損較硬，邊界不清，鱗狀上皮瘤有明顯的向深部浸潤，常形成潰瘍，有時應進行病理組織學檢查。尖銳濕疣一般呈乳頭狀生長，病變淺表，很少有浸潤面。
(2)、扁平濕疣為梅毒二期皮疹。扁平濕疣多發生于肛周及外生殖器周圍，基底寬，無蒂，外觀扁平，疣面潮濕、光滑。暗視野顯微鏡檢查可找到梅毒螺旋體，梅毒血清反應為陽性。詳見梅毒部分。
(3)、假性濕疣又稱女性絨毛狀小陰唇，在成年女性的小陰唇內側上出現魚卵狀或細小絨毛狀、排列規則的增生物，互不融合，長期不變，醋酸白試驗陰性。
(4)、生殖器鮑溫樣丘疹病本病較少見，主要與人類乳頭瘤病毒16型感染有關。表現為生殖器部位多發性棕紅色小丘疹，直徑2～10mm。臨床上很像尖銳濕疣，但組織學上類似鮑溫病的改變。作出這一診斷必須是專科醫師。
(5)、珍珠樣丘疹病發生于男性的龜頭，沿龜頭冠狀溝有排列整齊的大小一致的珍珠樣丘疹。米粒大小、圓頂、平滑，互不融合，長期不變。
(6)、皮脂腺異位癥：丘疹在粘膜內無重疊生長，多為淡黃色。
(7)、傳染性軟疣：單個不融合的皮色半球形丘疹，周圍光滑，中央可擠出軟疣小體。
(8)、軟下疳：外生殖器皮膚損害為不規則形潰瘍，伴痛性橫痃。潰瘍面滲出物涂片可能查到杜克雷桿菌。
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