病毒感染人體后，可潛伏在基底角朊細胞間，在表皮細胞層復制， HPV 侵入細胞核，引起細胞迅速分裂，同時伴隨病毒顆粒的繁殖與播散，形成特征性的乳頭瘤。晚期基因表達結構多肽，即出現結構蛋白裝配顆粒，病毒主要集中在顆粒層中的細胞核內，在表皮的顆粒層出現凹空細胞增多，組織學上正常的上皮細胞也有 HPV ，治療后殘余的 DNA 常可導致疾病的復發。