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沙眼衣原體的患病人群以青壯年為主。感染后，潛伏期為數天到數月，一般是1～3周。感染沙眼衣原體后婦女最常見的是引起化膿性宮頸炎，出現膿性白帶增多，可伴有外陰瘙癢。如果引起尿道炎時，約一半病人出現尿急、尿頻和排尿困難，與淋病性尿道炎不同的是，沙眼衣原體引起的尿道炎無尿痛癥狀，或尿痛很輕微，可有少量的尿道分泌物。如果巴氏腺被感染，還能引起巴氏腺炎。一般而言，女性患者多數癥狀很輕，或者沒有自覺癥狀，因此常被忽略，容易造成本病的傳播。
婦科檢查可見宮頸充血、肥大，有粘液膿性分泌物。由于沙眼衣原體感染常與淋病合并存在，且癥狀相似，因此臨床上要與淋病相鑒別。常規取宮頸分泌物或尿道分泌物涂片，經革蘭氏染色，如果未見到細胞內(外)革蘭氏陰性雙球菌，淋病雙球菌培養也為陰性，就可以排除淋病感染。
目前實驗室檢查衣原體的方法有：衣原體細胞培養法、衣原體細胞學檢查法以及衣原體酶免疫檢查法。其中以衣原體細胞培養法最敏感、最可靠。檢查取材時需將宮頸口分泌物拭凈，然后將拭子或細胞刷伸入宮頸管內1～15厘米，放置1～2分鐘并轉動，作宮頸管內細胞取材。
沙眼衣原體除能引起化膿性宮頸炎、陰道炎、尿道炎外，還能經生殖道上行感染，有可能引起急、慢性輸卵管炎，子宮內膜炎等盆腔炎癥。
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