尿道下裂的治療前提首先是確定患者的性別，特別是對陰囊會陰型尿道下裂，若伴有睪丸未下降，兩側陰囊嚴重發育不良，狀如陰唇者，應與性別畸形相區別，待確定性別后再制訂治療方案。

　　選擇在6-18月齡進行手術較妥，有些醫師主張在6-9月齡時手術。尿道下裂的傳統術式分為兩期進行。第一期手術進行陰莖腹側纖維束切除及陰莖彎曲矯正；第二期手術進行尿道再造，兩期手術間隔應在6個月以上。在嬰兒時期手術宜采用全身麻醉；6-7歲以后或成年施行手術者，可采用全身麻醉或硬膜外麻醉。

　　一般尿道下裂修復術，多半采用帶血管的皮瓣再造尿道，同時矯正陰莖彎曲，成功極高，目前應用較為廣泛。