肛裂的發病學說有以下幾種：

　　(1) 解剖上的缺陷學說：肛裂多發生于肛門后位，主要是由于外括約肌淺層在肛管前后方各形成“Y”形薄弱區，恥骨直腸肌又加強肛管兩側的力量。因此肛門后部及前部不如兩側堅強。肛管向下后與直腸后壁形成一角度。排便時，干燥的糞便對肛門后方薄弱區的壓力最大，又因肛管之后中線血運差，彈力較少，故造成肛門后方易受傷撕裂。這就是肛裂裂口的位置常發生于后方的原因。

　　(2) 感染學說：肛管上端齒線處的特殊結構如肛竇、肛門瓣、肛乳頭、肛腺等，容易被干硬的糞團下移時所損傷，使局部產生感染和炎癥，或導致肛腺阻塞化膿，潰破后形成肛裂，由于局部炎癥刺激，括約肌痙攣，血液供應不足，傷口久不愈合，形成慢性潰瘍。

　　(3) 括約肌痙攣學說：肛門外括約肌皮下部由于病理性因素，纖維化而失去柔軟的特性，在肛門外括約肌淺層“Y”形薄弱區下端形成無彈性的橫閘，當干硬糞團通過肛管時，此薄弱區容易破裂而出現裂口，裂口久不愈合形成慢性潰瘍。

　　(4) 外傷學說——肛門狹小學說：大多數學者認為干硬糞團通過肛管時，易引起肛管撕裂，尤其是肛門先天性發育不良者，更易受到損傷。

　　以上幾種學說的共同特點是與排出干硬糞便有關，又與局部解剖結構有明顯的因果關系。可以說肛裂的發生是多種致病因素相互作用的結果。