治療應在早期將原發病灶清除引流，同時選敏感抗菌藥物。醫院外感染的金葡萄肺炎，仍可用青霉素G，每日320萬單位分4次肌注（輕癥）或每日1000萬－2000萬單位分4次靜脈滴注（重癥）。對于院內感染和部分院外發病者，多為凝固酶陽性的金葡萄，90％以上產生青霉素酶，應投予耐酶的β-內酰胺類抗生素，如苯唑西林（新青Ⅱ，oxacillin）、氯唑西林（cloxacillin）’或萘夫西林(新青Ⅲ，nafcillin)。對青霉素耐藥的菌株可能也對頭孢菌素耐藥，但仍可用頭孢唑啉或頭孢噻酚，每日4－8g靜脈滴注。對甲氧西林亦耐藥的金葡萄稱甲氧西林耐藥株（MRSA）可用萬古霉素、利福平、SMZ-TMP、磷霉素、氟喹諾酮類以及丁胺卡那霉素治療。萬古霉素每日1-2g靜脈滴注，副反應有靜脈炎、皮疹、藥物熱、耳聾和腎損害等。口服奧格門丁（augmentin，阿莫西林與克拉維酸復方制劑），肌注或靜滴添門丁（timentin，替卡西林與克拉維酸復方制劑）、或優立新（unasyn，氨芐西林與青霉烷砜的復方制劑），亦都對產酶金葡萄有效，但這類藥物昂貴，不能作為首選用藥。并發膿胸、腦膜炎、心內膜炎以及腎、腦、心肌轉移性膿腫時，每日可用青霉素1000萬－3000萬單位，分4－6次靜滴，或用上述新青霉素，并對膿腔作適當引流。