傷寒是主要累及全身單核吞噬細胞系統的感染性疾病，病變突出表現在腸道淋巴組織，腸系膜淋巴結、肝、脾和骨髓等處。此外，由于敗血癥的存在，在病菌及其釋放的內毒素作用下，全身許多器官也可受累。

　　(1)膽囊：雖然傷寒桿菌易在膽汁中大量繁殖，但數患者膽囊無明顯病變或僅有輕度炎癥。值得注意的是，病人臨床痊愈后，細菌仍可在膽汁中生存，并通過膽汁由腸道排出，在一定時期內仍是帶菌者，有的患者甚至可成為慢性帶菌者或終身帶菌者。

　　(2)心肌：心肌纖維有較重的混濁腫脹。重癥患者可出現中毒性心肌炎。毒素對心肌的影響或毒素導致的迷走神經興奮性增高，或許是臨床上出現特征性重脈或相對緩脈的原因。

　　(3)腎：腎曲管上皮可發生混濁腫脹，以往認為臨床上出現的蛋白尿與此有關。但近年來通過腎活檢免疫熒光檢查，發現腎小球毛細血管壁可有免疫球蛋白(IgG，IgM)及補體(C3)沉著，并查見Vi抗原，因此考慮為免疫復合物性腎炎，但這種腎的病變可迅速消退。尿培養早期多為陰性，病程第3～4周的陽性率約為25%。

　　(4)皮膚：部分患者在病程第7～13天，皮膚出現淡紅色小斑丘疹，稱玫瑰疹，以胸、腹及背部為多，一般在2～4天內消失。在皮疹中可查見傷寒桿菌。

　　(5)肌肉：膈肌、腹直肌和股內收肌常發生凝固性壞死(亦稱蠟樣變性)。臨床出現肌痛和皮膚知覺過敏。