帶有流感病毒顆粒的飛沫吸入呼吸道后，病毒的神經(jīng)氨酸酶破壞神經(jīng)氨酸，使粘蛋白水解，糖蛋白受體暴露。甲、乙型流感病毒通過血凝素(HA)結(jié)合上皮細(xì)胞含有唾液酸受體的細(xì)胞表面啟動感染。嗜人類流感病毒的2,6受體存在于上、下呼吸道，主要是在支氣管上皮組織和肺泡Ⅰ型細(xì)胞，而嗜禽流感病毒的2,3受體存在于遠(yuǎn)端細(xì)支氣管，肺泡Ⅱ型細(xì)胞和肺泡巨噬細(xì)胞。丙型流感的受體為9-O-乙�；�-乙酰神經(jīng)氨酸。

　　流感病毒通過細(xì)胞內(nèi)吞作用進入細(xì)胞。在病毒包膜上含有M2多肽的離子通道在胞內(nèi)體中被酸性pH值激活，使核衣殼蛋白釋放到胞漿(脫殼)。核衣殼蛋白被轉(zhuǎn)運到宿主細(xì)胞核，病毒基因組在細(xì)胞核內(nèi)進行轉(zhuǎn)錄和復(fù)制。病毒核蛋白在胞漿合成后，進入胞核和病毒RNA結(jié)合形成核殼體，并輸出到細(xì)胞質(zhì)。病毒膜蛋白經(jīng)完整加工修飾后，嵌入細(xì)胞膜內(nèi)。核殼體與嵌有病毒特異性膜蛋白的細(xì)胞膜緊密結(jié)合，以出芽方式釋放子代病毒顆粒(芽生)。神經(jīng)氨酸酶(NA)清除病毒與細(xì)胞膜之間以及呼吸道黏液中的唾液酸，以便于病毒顆粒能到達(dá)其他的上皮細(xì)胞。最后，宿主的蛋白酶將HA水解為HA1和HA2，使病毒顆粒獲得感染性。流感病毒成功感染少數(shù)細(xì)胞后，復(fù)制出大量新的子代病毒顆粒，這些病毒顆粒通過呼吸道粘膜擴散并感染其他細(xì)胞。

　　季節(jié)性流感病例中只有極少數(shù)有病毒血癥或肺外組織感染的情況。在人H5N1禽流感感染病例中，下呼吸道的病毒載量要比上呼吸道高，咽喉部的比鼻腔的高，有時會出現(xiàn)病毒血癥、胃腸感染、肺外傳播，偶有中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染�？稍谛�、肝、脾、腎、腎上腺、肌肉、腦膜中檢出病毒，也可從有中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀患者的腦脊液中檢出病毒。

　　流感病毒感染后支氣管的炎癥反應(yīng)和肺功能的異�？沙掷m(xù)數(shù)周至數(shù)月。肺功能研究也可發(fā)現(xiàn)有限制性和阻塞性換氣功能障礙、伴有肺泡氣體交換異常、一氧化碳彌散能力的降低、氣道高反應(yīng)性。

　　流感臨床癥狀可能與促炎癥細(xì)胞因子、趨化因子有關(guān)。流感病毒體外感染人呼吸道上皮細(xì)胞，可導(dǎo)致IL-6、IL-8、IL-11、TNF-、RANTES和其他介質(zhì)的產(chǎn)生。臨床人體感染試驗中，鼻腔灌洗液中的一系列細(xì)胞因子都會升高，包括：IFN-、IFN-γ、IL-6、TNF-、IL-8、IL-1β、IL-10、MCP-10和MIP-1/MIP-1β，血液中的IL-6和TNF-也會升高。人H5N1禽流感死亡病例中MCP-1、IP-10及MIG等細(xì)胞因子往往過度表達(dá)，這可能是造成人禽流感患者重癥肺炎和多器官損傷的部分原因。